Trước đây, Phước Tân là một xã thuộc huyện Ninh Sơn.

Ngày 28 tháng 11 năm 1983, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 140-HĐBT[3]. Theo đó, sáp nhập hai xã Phước Tân và Phước Tiến thành xã Trà Co.

Ngày 29 tháng 8 năm 1994, Chính phủ ban hành Nghị định số 104/CP. Theo đó, chia lại xã Trà Co thành hai xã Phước Tân và Phước Tiến.

Ngày 6 tháng 11 năm 2000, huyện Ninh Sơn được chia thành hai huyện Ninh Sơn và Bác Ái[4], xã Phước Tân chuyển sang trực thuộc huyện Bác Ái như hiện nay.